在推行兩票制的大背景下，醫藥商業領域的整合被指是大勢所趨。然而，低于市場預期的是，隨著政策的逐步落地，醫藥商業領域大規模的整合并未出現。
“醫藥商業領域的企業存在諸多掛靠、過票、虛開發票等被定性為違規的歷史行為存在，這樣就導致整合商業企業可能背負上財稅風險。” 第三方醫藥服務平臺麥斯康萊創始人史立臣表示，醫藥商業領域整合現在基本停滯。
分析人士認為，“兩票制”將壓縮藥品流通環節，醫藥流通行業將進一步整合，綜合競爭力較強的大型醫藥流通企業明顯受益。
史立臣表示，目前，中國有上千家制藥企業，但有自營隊伍的制藥企業并不多。大多數企業還是以代理模式為主。隨著兩票制等政策推開，無自營隊伍的制藥企業營銷將陷入難以為繼的狀態。
面對兩票制，一些醫藥生產企業選擇與大型醫藥商業企業合作。
廣生堂今年2月份發布了《關于與國藥控股股份有限公司簽訂戰略合作協議的公告》，合作內容包括：廣生堂向國藥控股優先提供自行生產的符合國家質量標準的醫藥產品，委托國藥控股所屬子公司進行區域經銷或代理銷售，并使國藥控股所屬子公司逐漸成為廣生堂一級經銷商；廣生堂借助國藥控股全國健全的分銷網絡和物流配送平臺，優先確保直銷醫院、零售終端或經一次商業分銷到達銷售終端，從而減少營銷環節和降低成本，保障產品順暢銷售；等等。
廣生堂表示，本協議的簽訂是公司積極應對藥品流通環節“兩票制”、推動銷售模式轉型升級的重要一步，是雙方進一步共享優勢資源，降低成本、提高效率，提高企業抗風險能力的雙贏之舉。本協議的簽訂將理順公司的藥品配送體系，擴大公司產品的終端覆蓋，預計將對公司2017年度經營業績有正向影響。
有分析人士認為，在“兩票制”推行后，醫藥商業企業數量將會大幅下降，大量中小企業將會被并購，龍頭醫藥商業企業將會受益。然而，這一現象因企業存在合規問題并未大規模出現。
史立臣表示，目前已經有46家商業企業因為掛靠、過票、虛開發票等歷史違規行為被查出。
南京醫藥旗下子公司此前就“中招”。據南京醫藥發布的公告，2017年2月14日，國家藥監總局官方網站發布《關于福建中源醫藥有限公司等10家藥品批發企業檢查結果的通告（2017年第24號）》。
根據上述通告：“福建東南醫藥有限公司財務憑證顯示黃某向該企業轉賬補差款，該企業提供的黃某所在河南某公司的授權委托書涉嫌偽造。該企業退回藥品時開具的多項負項稅發票內容不真實，正負銷項發票的購貨方及貨物名稱均不一致。該企業收貨人員未核實供貨單位的出庫單印章，部分出庫單印章與首營審批材料不一致。該企業不能提供部分冷鏈藥品運輸途中溫度數據。溫濕度監測系統中多項數據與其后臺原始記錄數據備份不一致，涉嫌存在溫濕度數據造假行為。”
福建東南為南京醫藥子公司。2017年2月20日，福建東南收到福州市市場監督管理局《關于收繳GSP認證證書的通知》。
2016年，復旦復華下屬子公司因收受虛開的增值稅發票被稅務監管部門開出了約2.66億元罰單，而這一罰單相當于復旦復華近十年來的凈利潤。
“企業不愿意并購，是怕控股相關商業公司之后被監管部門查出歷史問題。”史立臣表示，醫藥商業領域的整合并沒有加劇。“現在很多醫藥商業企業的價值非常低，已經不具備投資價值”。
